為讓民眾瞭解海灘水質，做為親水活動參考，本署自民國88年起，於夏日泳季6~9月期間進行監測，91至97年監測範圍為臺灣本島10處海灘，每2週採樣一次。經98年1月7日邀集專家學者、交通部觀光局、相關風景區管理處、各縣(市)政府共同研商結果，增加離島監測，並刪除97年未營運管理之大安海水浴場及98年不開放之崎頂海水浴場，增刪後為13處海灘(如表1、圖1)，監測期間增為5個月(即5至9月)，監測頻率為7、8月每週1次，6、9月每二週1次，5月底預監測1次，全年計約13次。離島部分：金門、馬祖頻率為7、8月每兩週執行一次、6、9月每月執行一次。資料發布分級方式則分為「優良」、「普通」、「不宜親水活動」等3級。

     海灘水質採樣原則：於該海灘水域安全索範圍內，左、中、右各一處，水深約1公尺處採集水樣，每次採樣同時拍照記錄海灘環境及水色等現場資訊，上網提供民眾參考。